IVème siècle. L'Égypte est sous domination romaine. À Alexandrie, la révolte des Chrétiens gronde. Réfugiée dans la grande Bibliothèque, la brillante astronome Hypatie tente de préserver les connaissances accumulées depuis des siècles avec l'aide de ses disciples, Oreste et le jeune esclave Davus, tous deux amoureux d'Hypathie.